もともと瞑想は悟りのために行うものだったのでしょうが、そういった宗教的な効用とは別に、科学的な瞑想の研究が行われています。これが日経サイエンス（2015/01号）で紹介されています。

脳の活動を視覚化する方法（脳スキャン）で、瞑想時に脳のどの部分が活性化しているかが分かるようになっていまして、よく使う部分は発達して大きくなっていることも確認できているようです。これらをカラーで見ることができるのが、この雑誌の大きな魅力の一つです。

科学的な瞑想研究では、瞑想はフォーカス・アテンション瞑想・マインドフルネス瞑想・慈愛と慈悲の瞑想の３つに分類されているようです。

フォーカス・アテンション瞑想は、自分の呼吸に注意を向け続ける瞑想です。しかし、いつまでも集中は続かず、注意散漫→注意散漫への気付き→注意の向け直し→集中の維持という４つのプロセスを繰り返すことになります。各プロセスで活性化する脳の場所も分かっていて、この瞑想をすることで注意力を保つトレーニングをしていることになります。

マインドフルネス瞑想は、見えるもの聞こえるものに注意を向け、内的な身体感覚や頭に浮かんできた言葉をも追い続けます。一つの知覚や思考に過度にとらわれることのない超然とした集中状態の維持を目指します。これによって、日常的なイライラ（職場の同僚への怒りや家族の心配事）に心を乱されることがなくなります。

慈愛と慈悲の瞑想は、「すべての人々が幸福や幸福のもとを見つけ、苦しみや苦しみのもとから解放されますように」といった内容を無言で繰り返しながら、他者への無条件の慈悲と慈愛の感情に心を集中させます。慈悲は共感とは似て非なるもので、悲惨な状況を目の当たりにしても苦悩や落胆にはつながらず、内的なバランスや、心の強さ、苦しむ者を助けるといった勇気ある決断ができるようになります。

特に後の２つはストレスに対する抵抗力が付きます。これによって、うつ状態や慢性疼痛はもちろん炎症や分子レベル（遺伝子の活動）へのストレスの影響まで低減できることが確認されているそうです。